Kobayakawa Sena est un jeune lycéen comme tant d'autres. Nouvellement arrivé au Lycée Deimon après avoir fini le collège, sa timidité et son manque de courage lui jouent encore des mauvais tours. Victime de racket et de brimade de la part de ses aînés, son seul salut vient d'Anezaki Mamori, son amie d'enfance, qui ne cesse de le protéger.

Mais Sena, qui ressent plus de l'étouffement que de la protection, est gêné par cette situation peu virile. Le destin va l'entendre et lui faire croiser la route de Youichi Hiruma et de Ryokan Kurita, deux membres (les deux seuls d'ailleurs) du club de football américain du lycée. Malgré sa piètre carrure, Sena se révèle être un sprinter formidable, surentraîné par des années de fuite, et se voit intégrer, sous la contrainte de Hiruma, l'équipe des Devil Bats. Devant la frayeur et le peu de confiance que lui accorde Mamori à l'annonce de cette nouvelle, Sena lui fait croire qu'il a intégré le club en tant que manager. Son identité sur le terrain est préservée grâce à une protection, l'eyeshield, qui cache son visage : il devient alors le joueur connu sous le nom d'Eyeshield 21 (21 étant son numéro) !

Très vite, Sena va s'illustrer sur le terrain lors du premier tournoi interlycées, et s'attirer l'admiration de Mamori qui ignore toujours sa véritable identité.