La quasi intégralité de Darker than black se déroule à Tokyo, dans un futur bouleversé par l'apparition de la Porte des Enfers, autour de laquelle est construit un gigantesque mur de protection.

Cet évènement mystérieux s'est accompagné de la mutation de certains humains en êtres dotés de pouvoirs surnaturels :

- Les Pactisants (ou Contractants) possèdent tous un pouvoir particulier compensé par un "prix à payer". Une Pactisante peut par exemple invoquer une tornade, mais est forcée de boire de l'alcool après avoir utilisé sa capacité. Les Pactisants sont censés posséder une grande rationalité, voire d'être totalement dénués d'émotions.
- Les Pantins sont des mediums qui contrôlent des entités invisibles du nom d'Observateurs. Ils n'ont normalement aucune volonté propre.
- Les Moratorium sont quant à eux des sortes de Pantins dotés de pouvoirs incontrôlables mais sans "compensation" à fournir.

L'existence de ces humains "modifiés" est cachée à la population par le très puissant Syndicat. D'ailleurs, les témoins de manifestations paranormales se font systématiquement effacer la mémoire à la Men in Black. Les quatre personnages principaux (Hei, Huang, Yin et Mao) bossent dans l'ombre pour ce Syndicat et luttent contre les dérives de Pactisants dangereux. Le héros Hei, surnommé faucheur des ténèbres, est en même temps poursuivi par les services secrets japonais...