Nanoha Takamachi, 9 ans, est une écolière comme les autres. Elle écoute assidument en cours et est une élève studieuse. Son père dirige un café près de la gare et sa mère l'aide dans son travail. Son frère est en première année d'études supérieures et sa grande soeur est en 2e année de lycée. Tout va pour le mieux dans cette existence simple et monotone jusqu'au jour où, empruntant un chemin différent pour aller à l'école, Nanoha tombe sur un furet blessé, chose qui serait sans importance si ce n'est que le furet en question la supplie télépathiquement de le soigner. Nanoha l'emmène alors chez le vétérinaire local afin qu'il y passe la nuit. Malheureusement, le cabinet du vétérinaire est attaqué au beau milieu de la nuit par une créature informe qui cherche à tuer le furet. Réveillée instinctivement, Nanoha se rend là bas et rencontre le furet qui lui fait part d'une situation incroyable : il s'appelle Yuno Scrya et vient d'un autre monde afin de récupérer les Jewel Seeds, des pierres magiques dangereuses éparpillées de part la ville. Le monstre qui le poursuit en est d'ailleurs une... N'ayant pas assez de pouvoirs pour lui faire face, Yuno demande alors à Nanoha de combattre à sa place en utilisant le Raging Heart, une arme intelligente spécialement conçue pour sceller les Jewel Seeds.

Il se trouve alors que Nanoha fait preuve d'un talent inné pour la magie lorsqu'elle utilise Raging Heart. Yuno s'installe alors chez elle afin qu'elle l'aide à retrouver les Seeds restantes et les sceller pour emepcher l'apparition de failles dimensionnelles. Mais une autre Magical Girl fait bientôt son apparition : Fate Testarossa, accompagnée de son familier Arf, et il semble que leur but soit également de récupérer les Seeds...