Nous sommes en 0328 SC (Stellar Century). Les différentes galaxies de l'univers ont été colonisée par l'homme. Le GOTT, installé à Aineas, est chargé de surveiller les activités économiques des différents pays et réguler le commerce illégal international. Pour cela, il fait appelle a des agents doués de pouvoirs surhumains appelés ES Members. Ces agents sont dirigés par Eclipse, directrice du GOTT, qui leur assigne leurs missions. Kiddy Grade raconte plus particulièrement l'histoire de deux de ces agents, Eclair et Lumiere. Ainsi, on les suit dans leurs différentes missions, qu'il s'agisse d'éviter des conflits interplanétaires, arrêter des criminels interstellaires ou enquêter sur des trafiques.